为军方研究生化武器的安布雷拉公司在浣熊市地下设有巨大的研究中心——蜂巢，由于一次意外事故导致可通过空气传播的生化武器泄露，负责蜂巢安保的电脑系统 “红色女王”启动应急措施，却导致数百名工作人员罹难……四小时后，蜂巢安保人员爱丽丝（米拉·乔沃维奇 Milla Jovovich 饰）在蜂巢出口醒来，并且因为催眠气体而失忆。一支受命关闭红色女王的特种小队来到此处，与爱丽丝、自称警察的安德森，以及蜂巢工作人员帕克斯组队深入地下。一行人因任务目标与红色女王冲突而先后遭遇保卫系统和丧尸的连番袭击，而爱丽丝渐渐恢复的记忆揭示了她与同行者非同一般的联系。这场生化丧尸危机该如何解除？又或者根本是一曲绝望的前奏？

T病毒在蜂巢中肆虐并很快打破了地面上浣熊市的平静，丧尸开始在人群中出现，安布雷拉公司将整个城市封锁，计划使用核武器摧毁城市以掩盖病毒外泄的事实。被安布雷拉注射T病毒使身体能力远超常人的爱丽丝（米拉·乔沃维奇 Milla Jovovich 饰）由昏睡中醒来，她在混乱的浣熊市与防卫队员瓦伦汀（Sienna Guillory 饰）、记者泰莉等人组成队伍，试图找到脱身之法。另一方面，安布雷拉公司的科学家艾肯佛博士为搭救被公司抛弃在城中的女儿安琪拉，以提供逃生方式为代价请求爱丽丝和防卫人员卡洛斯（Oded Fehr 饰）两组人马帮助。而安布雷拉公司派出了由环保分子麦特所改造成的“复仇邪神”阻止这一切……

爱丽丝（米拉·乔沃维奇 Milla Jovovich 饰）被保护伞公司实验室复制，成了伊萨克博士（伊恩·格雷 Iain Glen 饰）的研究标本。因为她体内的DNA可以对抗T-病毒，所以博士以此来提升僵尸的杀伤力。爱丽丝接到了人类的求救信号，但却中了奸计，几经拼杀，方才自救。她如释重负，然而在睡梦中，她却强烈地感受体内强大力量的召唤，显然保护伞公司实验室对她做了手脚。而且，伊萨克博士还给僵尸注入了人类血液，激活其人类的心智。僵尸变得更强大，根本无法被控制，他们残忍地杀害了实验室助手，被训练对付爱丽丝。3年后，地球成了不毛之地。内华达州的幸存者结成了同盟，爱丽丝也在其中，但是她不敢表露身份，因为实验室给了她超能力，同时也让她被迫做了间谍。爱丽丝被孤立，只有卡洛斯懂得她的苦衷，二人也因此陷入了暧昧之中……